不具合を修正し、元のテーマでも正しく表示できるようになったので、テーマを元に戻した。 まぁそれでもそのうち変更はしたいなぁと思うところではある。
表示がおかしくなった理由 ・使わなくなったプラグインに依存するタグがあった
と、まぁ、これに尽きます。 SimpleTagというプラグインをやめたのに、タグを表示させる部分はそのプラグインに依存してたのですね～。すっかり忘れていた。 というわけで、そこをwpのものに変えてあげたら問題なくなった。 wpに何のプラグインを入れて利用していたかとか依存する情報などは記事にしておいて上げておいた方が、後々のためになるな～と痛感した次第。
